DIKU
Biomolecular computers and programming
Jun 7th
I have recently handed in a report as a part of my masters/candidate in Computer Science at University of Copenhagen – “Visualizing blobs and computation in a biomolecular computation model“. It sounds very fancy and I would like to introduce the subject and my report here in hopefully a less dry way than in the report it self. (This post will be in a “anecdotal” style and will not contain citations for all the facts. The report above should be up to academic par on citations)
Biomolecular computers and computation
Biomolecular computers or “biocomputers” is an area that have been research the last 20 years. At first much hype and hope was attached that this would provide some kind of break through to overcome the limitations of normal silica-based chip computers as we know and use today – your average PC and every microchip controlled device around. This is the same hope that surrounds quantum computers – a new approach for doing currently very long computations, for example integer factorization of large prime products within feasible time. The jury is still out on the possibility of biomolecular computing to deliver on that hope/potential. Other research have also shown “niche” interest in the area of “DNA Doctor” usage of biocomputers where a “biocomputer” is implemented to interact directly with the cells in for example humans.
A biomolecular computer can be seen as a computer that ”.…use systems of biologically derived molecules, such as DNA and proteins, to perform computational calculations involving storing, retrieving, and processing data.“(From wikipedia). Why is this interesting?
First of all: Why not? Tinkering, and playing around with things is interesting IMHO: By drawing the parallel between a biocomputer and a (human) brain you can say that it is a way to learn about ways nature works.
Second of all, a biocomputer will have different properties compared to conventional computers. Some of the first explored ideas was to use DNA interactions to solve very computational hard problems (NP-complete, traveling salesman like problems, Adleman 1994). This is interesting because it is possible to have millions and millions of molecules in lab-tube and thereby allowing for massively parallel computations – compared to a conventional computer which might have 4 (or at least not millions of) cores for parallel computations.
The Blob programming model
When I contacted my supervisor about writing a project this winter I was introduced to “the blob programming model”. At that time it was mostly an article in progress. Just now it has been accepted for the CS2Bio workshop as “Programming in Biomolecular computation” in Amsterdam, June 10, 2010.
The authors, Neil Jones in particular, read lots of the articles around biomolecular computation, turing universality of the models, and formal algebras for describing molecular interactions (Like Kappa calculus and Biochemical Ground Form) but his background as a computer scientist found something missing: Where are the programs?
Lots of interesting computational properties was proven but as a programmer there is no way to write a program as we know it.
Based on that “hole” a machine language was developed and described in the article which might theoretically could be used on a biocomputer. The models was dubbed “The blob programming model” and the article can be found at http://blobvis.appspot.com/blob
My Project – Visualizations of Blob programs
Based on this article I defined a project for doing a literature review of biocomputing literature as well as visualization theory applicable to visualization of blob programs. Normal progrogramming visualizations exists and have been used for many years, but in this case there was a special angle attached to the visualizations. The blob model has a potential physical analog as it might be possible to create a “biomolecular computer” that can execute the instructions and as the instructions is formed to be somewhat like an abstract molecule or similar a visualization of the blob instruction set could/should reveal interesting properties of blob programs with regards to their physical presence.
A program in the BlobVis tool
At http://blobvis.appspot.com my report is available for download as well as the BlobVis visualization tool I developed. From there you can play around with a few simple “Blob Programs”, for example a “list append’” program and see a video of a program executing in BlobVis. As I focused on physical properties the tool uses a physical based algorithm for layouting the blob programs(Via prefuse) which allows you to drag around programs and data in a way that looks like it is immersed in water or similar. That gives an interesting effect and is fun to watch.
Update
Nov 24th
Ja! jeg er kommet hjem fra Schweiz. For lææænge siden.
De sidste par uger var rigtig gode, selvom mange var begyndt at tage hjem. Bla. var jeg i Zürich og Luzern og se de gamle fine byer. Flot tur. Weekenden efter fik vi arrangeret to biler der kørte til Ardeche floden i frankrig
Turen hjem gik rigtig fint, og jeg var hjemme i købehavn til fødselsdag lørdag den 14. september. Derfra har tingene gåetsin slagne gang med Grafik forelæsninger og opgave.
Grafikkurset gik jo ikke så godt sidst. Denne gang gik det en del bedre. 11 fik vi for projektet, så det var virkelig virkelig dejligt at det kunne betale sig at udskyde det.
Derudover skal der jo arbejdes, og det gør jeg. Jeg har ikke valgt nogen nye fag i denne blok. Jeg kunne ikke finde på noget der kunne motivere mig, og med lidt held, hvis studienævnet snart kan sige noget, ved jeg om jeg er bachlor. Jeg overvejer kraftigt at starte på ITU til sommer og tage min kandidat der istedet for på DIKU. Jeg kan ikke finde på nogen fag som rigtigt siger mig noget på diku. Forhåbentlig på ITU, så jeg kan blive færdig med det her uddannelsesnoget.
Jeg havde fødselsdag den 15. oktober, hjemme ved mor og far, en dejlig lille ferie, på trods af en truende grafik-eksamen den 23/10.
CERN – III – Siden sidst
Aug 9th
Der er sket en del siden sidste post, men jeg ikke nogen vilde ture som turen op af Mont Blanc.
Det er mest blevet til Pool (som i badning, og som i billiard), forskellige nationalitetsfester og så har Anette besøgt mig og vi tog en weekend i Venedig!
Anette og Katrine ankom for 2 uger siden, og Katrine tog hjem sidste søndag. Vi nåede en del fester og et besøg hos røde kors museet og UN bygningen
Derudover har der været Lake Parade rundt om Geneve søen, og i denne uge er der gang i en “festuge”. Dvs. der sker noget hver aften, og sære udklædninger til forelæsningerne. I går aftes var det Crossdresser dresscode på Charlys i St. Genis. Meget festligt.
Derudover har Geneve vandforsyningen “tekniske problemer” så vi må ikke rigtig bruge vandet. De kan ikke garantere at bakterienievauet er lavt nok. Så vi skal koge vandet før vi drikker det, og ikke gå i bad med åbne sår. Og helst ikke børste tænder i det. Nu håber jeg ikke jeg bliver syg, for jeg børstede tænder i det både i går og i morges…
Det er godt nok noget bøvl når man er vant til at bare bruge vandet i hanen til alt
Denne weekend er der Street Parade i Zurich. Jeg bliver lidt i tvivl om jeg magter sådan en tur eller ej.
Vejret er skiftet noget hernede. Temperaturen er under 25grader og vi får en del regnbyger ind imellem. Lidt trist. Det varme vejr var sjovere
Derudover arbejder jeg jo også. Jeg har brugt lang tid på at blive lidt mere bekendt med kerberos og AFS. Det er ikke noget jeg lige bliver gode venner med tror jeg 
Afleveret opgave
Jun 20th
Så er opgaven sgu afleveret. Igår kl 14 smækkede Sune og jeg 3×131 sider på disken i 1.dels administrationen og fik stempel for at vi har afleveret. YAY!
Til opgaven hører der en lille hjemmeside med brugsvejledning og rapport og kode osv
Så er der bare lige tilbage at holde “forsvar” som er nok er en fremlæggelse med karaktergivning eller noget i den stil. Det bliver ihvertfald også rart at få overstået!
Den 28. holder vi fremlæggelse, den 30. skal jeg være nøglebærer på Cafeen? og så den 2/7 kl 9 flyver jeg med SAS til CERN. Spændende. Jeg må lige høre med Juan eller en anden som ved noget hvad jeg gør når jeg står i Geneve Lufthavn kl 11 den dag.
Men først! et par dages afslapning
Bachlorprojektet
Apr 10th
Jeg synes lige det må være på sin plads med en opdatering omkring projektet
Vi har fået tastet vores fine grammatik ind i en grammatik fil for antlr. Det er ganske kraftfuldt det der antlr, med EBNF og alt muligt. Vi har en mini-lille lexer definition, en parser definition som laver et nydeligt træ og tilsidst en treeparser som løber det træ igennem og først og fremmest laver vores navnerum, og derudover kontrollerer at programmet “er” et gyldigt T-diagram. Dvs. stort set at brikkerne passer sammen lige som i domino.
Se et par diagram-programmer
d1.b d2.b d3.b Det overlades til læseren selv at regne ud hvad det er for nogle faktiske diagrammer de “laver”.
Nu skal vi til at have lavet noget rigtigt rapport (ud over gram1.pdf) og derefter er der mindst de sidste to semantikker
- Tegning – Umiddelbart skal vi bare understøtte et par interfaces til at tegne med og ikke til selv at rode med at tegne ting på skærmen osv. meeeen måske gør vi det alligevel. Det kunne jo være rart at få et par tegninger ud af det, og fra min dat0gb opgave har vi nogle tegne tools
- Opslag – Vi skal have lavet mulighed for at kunne lave opslag som giver et diagram ud for hvordan en given fil kan afvikles på en given maskine
Og så er der lige rapporten og evt. definiere noget database format for maskiner til brug for opslagsdimsen.
Stadigt spændende ihvertfald, og det er jo godt
Jeg fik det. CERN part 2
Apr 10th
Jeg har fået svar!
CERN sommerskolen har godkendt min ansøgning og tilbudt mig et 12ugers “ophold”. Jeg må have været fuld da jeg søgte om 12 uger da jeg slet ikke har så lang ferie, men det er der så ikke noget at gøre ved nu.
Jeg tager afsted d. 4. juli og kommer tilbage den 22 september. Dvs. at jeg misser de første 3uger af blok1 hvilket er reeeet skidt, men jeg er ved at arbejde i at få nogle ECTS for opholdet så jeg ikke kommer helt bagud. Jeg håber det lykkes.
Derudover glæder jeg mig helt vildt. Jeg har fået en vejleder dernede ved navn Manuel. Vi har et projekt omkring at få migreret noget CVS til et overvågningssystem de har selvudviklet dernede. Så man kan roligt sige at det er d-mon der har skaffet mig jobbet. Men det skal jeg nu ikke klage over.
Jeg får 89 .chpenge om dagen til kost og logi, så jeg forhåbentlig ikke har for stor udgift ved at være væk. Derudover hører jeg rygter om store fester osv. fordi vi er så mange sommerskole studerende dernede i løbet af sommeren. WEEEE!
Synopsis
Mar 7th
Nu har Sune og jeg afleveret en synopsis for vores bachloropgave. Jeg havde udtrykt min interesse for et emne og pludslig fik jeg en mail om at der var en som havde lyst til at lave det samme emne. Vi mødtes, og i løbet af en efter middag fik vi afleveret en forside.
Så næsten stik imod planerne er jeg midt i at skrive bachloropgave. Vi afleverede en synopsis sidste fredag og holdt forsvar i onsdags. Spændende emne. Vi har nu en lille grammatik klar, som vi skal snakke om på torsdag. Vi har ugentlige møder så vi rigtig kan blive holdt til ilden.
Nu med nøglebærer (trainee)
Feb 8th
Jeg har nu fået en nøgle til cafeen? og er i træning som nøglebærer. Dvs. man tæller op og holder styr osv. i løbet af aftenen på hele vores “stamsted” Det er helt ok sjovt
CERN
Jan 10th
Så er min ansøgning til CERN’s sommerskole endelig færdig. Der skulle udfyldes en masse webforms med diverse ting. Derudover skulle jeg have to diku VIP’er til at udfylde nogle forms og her til aften fik jeg uploadet mit CV.
Umiddelbart tror jeg ikke der er så stor sandsynlighed for at jeg kommer afsted. Men hvis jeg gør, så er det STORT!!!
Overstået
Jan 10th
Så er det overstået.
Det gik…ja….det er overstået ihvertfald. Det tog 2timer og 40 incl 15mins pause. Noget af en omgang
Når jeg kigger på det nu, og tager tingene fra timerne in mente, er der nok en del ting jeg godt kunne tænke mig at gøre anderledes.
Jeg ville have fundet på nogle interessante dele af beviserne at vise.
Jeg ville have forberedt at lave beviserne på tavlen sådan som vi ‘plejer at gøre’ istedet for på den ‘sloppy’ måde de gør i bøgerne.
Så ville jeg nok have lavet beviser over det nemme istedet for det svære. Når det svære nu stod der og det nemme bare “skulle samles op”.
Og noget færrere slides.
Præsentation i dag/imorgen
Jan 10th
Som man kan se hvis man kigger på tidspunktet for denne post, så er det d. 10/1.
Ikke bare vilkensomhelst 10/1 2006. Næææh, det er den dag hvor jeg skal ind og hakke og stamme mig igennem en times oplæg. Det er første gang nogensinde jeg skal holde sådan et oplæg. Jeg har knoklet med at forstå min artikel (50sider) og derefter få lavet slides og noter og forstå beviserne nok til at kunne gennemgå dem.
Nu har jeg så valgt at tiden er så fremskreden at det er bedre at sove, end at lave flere noter. Så må det briste eller bære. Meget spændende og nervepirrende. Jeg kan næstsen ikke vente…Til det er overstået.
Men hvis nogen er intersseret er der slides(som nok ikke er meget værd alene)
Glædelig jul, og en hel masse andet
Dec 24th
Glædelig jul!
Sådan! så er det sagt!
Håber min bror kan bruge gavekortet, min far kan bruge den gave han selv valgte, min mor kan bruge armbåndet i sølv og min onkel kan bruge bogen. Jeg regner helt klart med at Mette og Andreas kan bruge Settlers udvidelse jeg gav til dem(os) så vi også kan lege søfarer. Vigtigheden i udvidelsen og bruget deraf kan ikke undervurderes, læs mere herom senere.
Og så er jeg noget spændt på hvad jeg mon får… Håber der falder noget jogging-tøj af til at træne i. Det er lidt skod at træne boksning i for små løbebukser.
Ellers har der jo været gang i den i december. Mit famøse “typer og programmingssprogs kursus” har nu identificeret og udelegeret emnet, Regionbased memory managment (and effect types), til mig at holde “seminar” over. Det er faktisk et spændende emne, som rektor på ITU, Mads Tofte, har brugt en del tid på, og tilsvarende vist også Fritz Henglein som jo er underviser på kurset. Det skræmmende er jo så at jeg skal holde en lille times seminar omkring det for alle de andre. Jeg frygter meget for min egen informåen, og tidspresset for at få det lavet er lidt hårdt. D. 10/1 skal jeg holde seminar.
Den største grund til at det bliver noget hårdt at nå det hele er at jeg
TADDAAAAA, har fået et sted at bo!
D. 28/12 skulle jeg gerne få nogle nøgler og skrive under på papirene. Det er en lille to-værelses på nørrebro, jægersborggade for at være mere præcis. Det er en gammel lejlighed, med et lille køkken uden rigtig komfur, med et toilet, men ingen bad.(Der er bad et andet sted i gaden, ganske rimelige faciliteter har jeg hørt)
Trægulv, malet hvidt i det ene rum og råt i det andet rum. Det ligger på 4. så der er dejlig lyst og uforstyrret. Rå vægge, hvilket er meningen. Det er fint med mig. Køkkenbordet og blandingsbatteriet i køkkenet er ret slidt, men det kan der vel gøres noget ved. Hele jægersborggade har fælles internet og telefon og tv netværk, så det kan gøres ret billigt, og lejligheden er ikke vanvittig dyr. Det ser ud til at kunne gøres under 3000, alt incl. Så skal jeg bare huske at arbejde så jeg får nogle penge at betale med.
Det er en fremleje på et godt år, så jeg har tid til at se mig omkring imens.
Men det kommer jeg ihvertfald til at bruge noget tid på imellem jul og nytår.
Bla. skal jeg overtale Gitte og gemalen til at der skal køres seng d. 28 når jeg får nøgle, og så skal jeg til Taastrup og hente mine ting. Det bliver dælme spændende. Jeg har ikke så meget at sætte ind i lejligheden sådan umiddelbart. Ihvertfald ikke møbler. Tror det jeg især kommer til at mangle er en sofa (er undervejs), reol til bøger, noget til at have mit tøj i, måske en reol eller ligefrem et skab. Skrivebord kommer jeg nok også til at mangle, men det kan være clique mangler et skrivebord. Jeg ser lyst på tingene, det skal nok blive godt.
Mht. til Settlers og udvidelsen er min pointe at jeg jo nu har boet 3 måneder hos Mette og Andreas og jeg synes allerede jeg savner dem, selvom jeg ikke er flyttet. (vi er bare alle hjemme ved vores respektive forældre) Ting kan nemt glide ud i sandet, som det lidt gjorde inden jeg pludslig overtog deres gæsteseng, men måske kan vi gennemtvinge lidt samværd med faste mad-og-brætspil dage. Det synes jeg ihvertfald kunne være en god idé.
På grund af al travlheden med DIKU og lejlighed og livet osv. har jeg ikke rigtig, overhovedet, fået tænkt på nytår. Men det gør jeg så nu. Umiddelbart prøver jeg at fedte mig ind hos Mette og Andreas og få holdt noget med noget god mad og nogle store bøffer sammen med dem. Det kunne være hyggeligt synes jeg
WHATS UP WITH smadrede websites her op til jul?!
Jeg brugte meget tid her 21,22,23 på websites som enten blev hacket eller smadret lige nu?! hvad sker der for det.
SUPER SVIN til dem som prøver at ødelægge min ferie med det fis! SGU
Crash!
Dec 1st
Ikke noget bachelorprojekt til februar.
Det har været en noget speciel tid siden august, og lige nu synes jeg tingene hænger noget trægt på mine skuldre. Noget må der ske.
Derfor besluttede jeg, og overbeviste gruppen om, at udsætte bachelor projektet. Jeg tror jeg har brug for at context-switche noget mindre for en stund. Så lige nu er det planen at arbejde fuldtid en blok måske to fra februar og frem, inden jeg går på bachelor projektet.
Så..
Sårn er det!
Apropos alt det her studieværk har jeg lavet en lille side om mit studie
OG SÅ VIL JEG GERNE FINDE NOGET AT BO I!
Syg…
Nov 23rd
Jeg har ligget syg hele weekenden. Super skod. Jeg nåede dog at komme ud og se værelset i fredags. Ganske udemærket værelse, ok sted osv. Jeg kunne bare ikke rigtig sætte mig op til tanken om at skulle bo der. Det var lidt som at skulle bo hos en onkel eller tilsvarende. Jeg skulle have besøgt et andet sted søndag, men der var jeg slet ikke i stand til at bevæge mig ud af sengen. Godt Mette var her til at passe mig, med the og alt muligt. Jeg fik også spist min andel af iboprofener og pinexer. Jeg er ikke god til at overgive mig og ligge mig i sengen, men lørdag aften røg jeg helt ned. Så sov jeg stortset indtil mandag eftermiddag, og så imorges kom jeg afsted.
I dag skulle jeg så have set på et værelse her på nørrebro. Det blev desværre flyttet til imorgen inden jeg kom i tanke om at jeg skal se Harry Potter kl 18.15. Jeg prøver om at jeg kan nå det på en eller anden måde, ellers må jeg misse lidt af ham Harry P i starten.
Puh det var en hård omgang at tage til forelæsning i dag. Jeg skulle aflevere en opgave jeg ikke havde lavet, så jeg tvang mig selv ud af sengen og derop, og forsøgte at bikse noget sammen mens jeg sad der. Jeg håber at det var ok til at jeg kan genaflevere noget af det. Samtidigt fik jeg stempel på min Regensen ansøgning så jeg endelig kan få den afsted. Sikke en masse arbejde. Nu skal jeg så bare lige have fat i min skat tast-selv-kode så jeg kan udskrive en årsopgørelse fra sidste år og så er den klar.
Jeg er lidt nervøs over det her Typer og Programmeringssprog kursus. Det er vildt spændende, men jeg gider ikke hvis jeg bare er super dårlig til det. Jeg forsøger at være flittig, mere end jeg egentlig har været længe i noget fag, så jeg håber det går. På trods af min “crummy” aflevering i dag.
Nu er jeg også ved at være der hvor jeg går amok hvis jeg ikke får mit projekt på arbejde færdig. Det går så sløvt for mig at få lavet de afgørende skridt så det kan bruges til noget. Jeg har hele tiden på fornemmelsen at det er liiiiiiiiiiige ved at være der. Sådan har jeg haft det siden fucking juni! Hvad er jeg for en slam programmør?
